El CPTA está inspirado en el Centro de Planificación Territorial Indígena gestionado por la Confederación de Pueblos Indígenas de Bolivia (CIDOB), que permitió dotar a las organizaciones indígenas del Oriente, Chaco y Amazonía de información geográfica actualizada para el seguimiento y participación informada en el proceso de saneamiento y titulación de los territorios indígenas.
En el actual contexto, el CPTA busca coadyuvar a los pueblos indígenas a enfrentar desafíos, como: la gobernanza de los bienes naturales comunes, la resiliencia y adaptación al cambio climático, el ejercicio de sus derechos territoriales y ambientales a través de la autonomía indígena y la gestión territorial integral; así como a la defensa de sus derechos individuales y colectivos frente a las actividades de gran impacto promovidas por el modelo de desarrollo extractivista.